1947년 한국기독교연합회의 주최로 해방 후 첫 부활절 연합예배가 남산 조선신궁 자리에서 드려졌다. 이는 1946년 재건된 한국기독교연합회의 대표적인 연합사업 중 하나였다.

한국기독교교회협의회는 1974년 인권위원회를 신설하고 인권주간을 설정해 기독교 신앙에 기초한 인권의식 신장과 구체적인 인권운동을 전개했다.

한국기독교교회협의회는 1960년대부터 가속화된 산업화와 이농현상에 대한 선교와 사회운동의 대안을 모색하기 위해 산업선교와 농촌선교에 대한 연구와 실천을 모색했다.

1986년 9월 스위스 글리온에서 남한 NCCK 대표 6명과 북한의 조선기독교도련맹 대표 5명의 만남 이후, 1988년 “민족의 통일과 평화에 대한 한국기독교회 선언”(88선언)이 NCCK 총회에서 만장일치로 채택되고, 1995년을 평화적 통일을 위한 희년으로 선포하고 1993년 NCCK 주최로 남북인간띠잇기 대회가 개최되었다.

‘목요기도회’는 1974년 남산 부활절 연합예배 사건과 민청학련 사건으로 구속된 이들을 위한 기도모임에서 시작됐다. 이 기도 모임은 1990년대까지 지속되며 NCCK를 중심으로 한 에큐메니칼 사회운동의 구심점 역할을 담당했다.

한국기독교교회협의회는 독재정권 치하에서 기독교 신앙과 양심에 입각한 민주화운동을 꾸준히 지속해 왔으며, 1980년 5.18 광주민주화운동에 대한 진상규명과 특별법 제정 등의 노력에도 앞장서 왔다.